在流式细胞术中，想要分析特定靶标淘股神，通常需要借助荧光来标记细胞。常用的荧光标记方式主要有两种：一种是使用单独的荧光染料（如细胞染料），另一种则是利用带有荧光团的抗体——可以是直接偶联的荧光抗体，也可以借助偶联的二抗进行间接标记。
由于不同抗体之间互不干扰，我们可以在一次实验中同时使用多种抗体，检测多个靶点——这就是所谓的“多重分析”。多重分析的上限，主要取决于我们能独立检测到多少个不同抗体的信号。
在流式细胞术中，实现这种区分的关键，就在于使用不同荧光团进行标记。因此，一次成功的实验，离不开高特异性、经过验证的抗体，以及性能稳定的荧光团。
荧光团：让信号“被看见”所有荧光团都具有一个共同特性：在受到特定波长光激发后淘股神，会发射出波长更长、颜色不同的光。例如，使用蓝色激光激发绿色荧光蛋白（GFP）时，它会发射绿光。激发光与发射光之间的波长差称为斯托克斯位移。
斯托克斯位移使得通过滤光片分离激发光与发射光成为可能，从而实现对荧光信号的准确检测。由于激发光强度通常远高于荧光信号，若不能有效滤除，将严重影响检测结果。
每种荧光染料都具有特定的激发光谱与发射光谱，分别表示其最易被激发的波长范围以及发射荧光的波长范围。在使用某一荧光团时，需确保流式细胞仪配备的激光器能够覆盖其激发光谱（最佳为峰值波长附近），同时检测器也能有效捕获其发射光谱（同样优选峰值附近）。
展开剩余51%荧光团种类多样，既包括如DAPI、碘化丙啶（PI）等可直接标记DNA的小分子染料淘股神，也包括如GFP等蛋白类荧光团。
值得一提的是，GFP等荧光蛋白具有可由DNA编码的特性。将GFP基因序列与目标蛋白基因序列融合后，可促使细胞表达带有荧光标签的靶蛋白。该方法适用于体外实验和活体成像中直接观察蛋白的定位与表达水平，无需后续染色步骤。此外，还可通过调控使荧光蛋白在特定细胞类型或条件下表达，从而实现对目标细胞的计数或分选。
直接标记 vs. 间接标记：如何选择？在流式细胞术中，荧光团常与抗体共价连接形成“偶联物”。使用此类偶联抗体标记细胞时，荧光信号的强度直接反映抗体的结合量（细胞膜对光透明，胞内荧光信号衰减不显著）。该方式称为直接检测或直接流式，其优势在于操作简便、通量高，尤其适用于多色实验。
间接流式是另一种常用方法，流程中先使用未偶联荧光的一抗与靶标结合，再以荧光团标记的二抗识别一抗。该方式适用于一抗直接偶联可能影响其结合活性或功能的情况，并可借助多个二抗结合同一一抗实现信号放大。
间接法的主要局限在于可同时使用的抗体种类受限。每种一抗必须来源于不同宿主物种（如兔、小鼠、山羊等），以确保二抗能够特异性识别。例如，若在同一实验中使用两种小鼠来源的一抗，则抗小鼠二抗将无法区分二者，导致信号混杂，难以解析各自靶标。
因此，在多数应用中更常选用直接流式。该方法无需二抗孵育步骤，便于多重抗体组合使用，有助于在单次实验中获取更多信息淘股神，从而更深入地解析细胞群体的组成与特征。
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